Originalmente precedido por un puente de madera, el Pons Aemilius fue el primero de muchos puentes de piedra construidos en Roma. Fue diseñado entre el 179 a.C. y el 151 a.C. El puente conectaba la parte central de la ciudad con el barrio de Trastevere, justo al sur de la Isla Tiberina.
Inicialmente, sólo los pilones estaban hechos de ladrillos. Sin embargo, en el 142 a.C. los arcos de madera originales fueron sustituidos por piedra. El puente fue reparado varias veces a lo largo de los siglos, sobre todo por los emperadores Augusto en el 12 a.C. y Probus en el 280 d.C.
Con la caída del Imperio Romano, las reparaciones se hicieron menos frecuentes y las múltiples inundaciones, especialmente las de 1230 y 1422, dañaron mucho la estructura. En 1552, los arcos fueron reemplazados, pero, cinco años más tarde, fueron fuertemente dañados por otra inundación. Un último esfuerzo de renovación tuvo lugar entre 1573 y 1575, pero en 1598 el puente fue dañado de nuevo por las aguas de la inundación, que destruyeron tres de los seis arcos. El puente fue entonces abandonado y pasó a ser conocido como “Ponte Rotto” (“Puente roto”).
En 1853, los tres arcos restantes se conectaron al continente a ambos lados con una pasarela de hierro. Esta nueva estructura de hierro debilitó la original de piedra. En 1887, la nueva pasarela fue demolida junto con dos de los tres arcos para dejar sitio a un nuevo puente, el Ponte Palatino. Hoy en día, sólo queda un arco del siglo XVI que descansa sobre los pilones originales del siglo II-CB.
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