En las horas previas al amanecer del 29 de noviembre de 1864, tropas terceras de Voluntarios de Colorado, llamados burlonamente “The Bloodless Third”, bajo el mando del Coronel John Chivington, atacaron el pacífico campamento de la Banda de los Hervidores Negros de Cheyennes a orillas del Big Sandy Creek, en las llanuras del sur de Colorado. Las tropas se sumergieron, disparando indiscriminadamente, y todas las tropas participaron con entusiasmo. Todos excepto la Compañía del Primer Calvario de Colorado, bajo el mando del Capitán Silas Soule, y una compañía del Fuerte Lyon bajo el mando del Teniente Joseph Cramer.
En Fort Lyon, varios días antes del ataque, Soule se había opuesto al plan de Chivington de masacrar el campamento, declarando en una carta al Teniente Coronel Edward Wynkoop, “Tan pronto como supe de su movimiento me indigné como usted lo habría hecho… y les dije que cualquier hombre que participara en los asesinatos, conociendo las circunstancias como nosotros, era un cobarde mal nacido de baja vida”.
Amenazados con la horca, Soule y Cramer continuaron con el The Bloodless Third. Según Soule, cuando llegaron, vieron que el campamento ondeaba la bandera de EE.UU., y una bandera blanca. Cuando Chivington les ordenó atacar, Soule y Cramer se negaron.
La masacre de Sand Creek se hizo notoria poco después, y fue investigada por el Congreso. Soule testificó contra Chivington, y fue vilipendiado por su participación. Su testimonio cambió la actitud hacia Chivington, y dio lugar a que el Congreso negara al Ejército de EE.UU. miles de tropas para proseguir la guerra contra los nativos americanos.
El 23 de abril de 1865, mientras patrullaba como Mariscal Preboste en Denver, Soule fue a investigar un informe de disparos. Al doblar la esquina, se encontró con Charles Squires, miembro de los Primeros Voluntarios de Colorado. Ambos hombres dispararon. Squires fue herido en el brazo pero Soule cayó muerto. El lugar de su muerte está marcado por un cartel cerca de la calle 15 y la calle Arapahoe.
Soule fue enterrado en la tumba de un soldado en el cementerio de Riverside, junto con otros miembros de la Guerra Civil de Colorado muertos.
Hoy en día, la tumba es reconocida por la tribu Cheyenne y está decorada por respeto a la valentía de Soule. Es el lugar de reunión de la Carrera de Curación Espiritual de Sand Creek, que viaja desde la tumba de Soule hasta el lugar de la masacre.