El río en el centro de este jardín botánico impulsó el molino del siglo XVI que le dio su nombre. Los colonos españoles usaron el molino, que aparece en uno de los primeros mapas de la Villa de San Miguel el Grande (ahora San Miguel de Allende), para moler granos.
El establecimiento de este molino finalmente condujo a una especie de zona industrial que rodea el río. Presas, un acueducto y edificios de hacienda aparecieron en el área hasta principios del siglo XX, cuando el agua alimentaba la fábrica textil de La Aurora .
En 1989, una iniciativa de César Arias y Federico Gama buscó comprar el terreno ocupado por esta área y convertirlo en una reserva natural. Esto se logró tres años después, y el Charco del Ingenio se inauguró durante el eclipse solar el 11 de julio de 1991. Desde entonces, el Charco ha expandido sus terrenos y acumulado reconocimiento. Entre los más singulares se encuentra el otorgado por Tenzin Gyatso, el 14 ° Dalai Lama, quien declaró esto una “Zona de Paz” durante una visita en 2004.
Además de sus ruinas industriales y atracciones naturales, el Charco también es un espacio cultural y artístico. Su Plaza de los Cuatro Vientos (Plaza de los Cuatro Vientos) simboliza su centro espiritual, con estructuras representativas de las creencias indígenas y la cosmogonía, como la [Cruz de las Almas] Cruz de Ánima . Obras escultóricas como “La casa de la luz de las estrellas” del artista alemán Wilhelm Holderied completan el enfoque holístico del ambientalismo de Charco.
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